このスレッドは古すぎることは承知していますが、私も同じ問題に直面し、動作させるためにいくつかの調整を行いました。
問題は、./launcher logs appで確認したところ、オンオンテンプレートがデフォルトのサイトから多数の設定をコピーしている点です。その中で一部の設定が重複していることが原因でした。
./launcher enter appでコンテナにログインし、/etc/nginx/conf.d/onion.confを編集してproxy_buffer_size 8k;という行を削除する必要がありました。
さらに、nginx.confファイルにserver_names_hash_bucket_size 64;を追加する必要がありました。
これによりサーバーが再び動作するようになりました。この解決策はログを確認して見つけました。