Sei que esse tópico é antigo de dar medo, mas eu estava com o mesmo problema e precisei fazer alguns ajustes para que funcionasse.
O caso é que verifiquei com ./launcher logs app e descobri que o template onion copia um monte de coisas do site padrão; o problema é que algumas dessas configurações estão duplicadas.
Precisei entrar no container com ./launcher enter app e depois editar o arquivo /etc/nginx/conf.d/onion.conf para deletar a linha proxy_buffer_size 8k;.
Além disso, tive que adicionar server_names_hash_bucket_size 64; ao arquivo nginx.conf.
Isso fez o servidor voltar a funcionar. Descobri isso analisando os logs.