S3でのマルチサイトバックアップに関する問題--バックアップがルートに保存される

はい、アップロードストレージは設計によるものです。バックアップがシングルサイトインスタンスからのものであった場合、復元方法は異なります。

      was_multisite = BackupMetadata.value_for("multisite") == "t"
      upload_path = "/#{Discourse.store.upload_path}/"
      uploads_folder = was_multisite ? "/" : upload_path

しかし、これはバックアップがどこに置かれたかということについてであり、画像が復元される場所についてではなかったのではないでしょうか?