S3でのマルチサイトバックアップに関する問題--バックアップがルートに保存される

はい。

その通りです。

しかし、おっと:

私が(正しく)以前に述べたように、このインスタンスは(現在?)バックアップのみにS3を使用しており、アップロードには使用していません。

バックアップがバックアップバケットのルートに配置されているのは、3つのサブサイトのうち2つのバックアップです。プライマリサイトは予想どおり default にプッシュしており、マルチサイトインスタンスの1つは sitename ディレクトリにプッシュしています。