これらのコマンドを実行してみてください
./launcher enter app
cd /var/www/discourse/plugins
su discourse
for d in *; do echo "$d: $(git -C $d config --get remote.origin.url)"; done
すべてのプラグインにリストに表示されるリモートURLがあるはずです。エラーから判断すると、そのうちの1つにないのではないかと疑っています 
期待される出力は次のようになります。
chat: https://github.com/discourse/discourse.git
discourse-automation: https://github.com/discourse/discourse-automation
discourse-chat-integration: https://github.com/discourse/discourse-chat-integration.git
...