異常に高いCPU使用率

これは良い質問の方向性だと思います。大量のRAMを搭載していても、PostgreSQLがそれを特定の目的で使うように設定されており、自ら窮地に陥っている可能性があります。

2つのUPDATEクエリが同一に見えるのは気に入らない点です。これは、スケジュールされたタスクが完了するのに時間がかかりすぎたため、2番目のタスクがその後スケジュールされたことを示している可能性があります。状況がすでに悪化しているときに、さらに負荷をかけることになります。

しかし、それらの調整方法についてはわかりません。

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