これは重大なセキュリティダウングレードのように思われます。MD5はパスワードハッシュには適していません。この変更はDiscourseの重要な部分に影響を与えるだけでなく、将来のすべてのリリースで維持する必要もあります。
達成しようとしていることを説明していただければ、より良いアプローチを提案できるかもしれません。
Discourseのカスタマイズについては、Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin をご覧ください。プラグインシステムを使用すると、コア機能を安全に拡張できます。