アップデートに約20分かかり、multisite:migrateのステップで進捗表示が一時的に壊れる

6,000ユーザーしかいないサーバーでそのインデックスを削除しても、スピニングディスク上であってもミリ秒で完了するはずです。これは、データベースがリソース不足であるという強い兆候です。