Consegui definir a versão para 2.9.0.beta2 (id do commit: 88a8584348ed93a28286839bfc1c32b06bd50b3f) definindo o id do commit como “version” em app.yml. Desta vez, a atualização funcionou. Depois disso, consegui atualizar para 3.0.0.beta16.
Obrigado a todos.