追加の意見として、回答ではなく… 
私は多数のプラグインを搭載した、わずか1GBのDOテストサイトを持っているので、通常はそれほど速くはありません。しかし、最近になって処理に時間がかかっているように感じており、先日@MarcPと同じように奇妙な現象に見舞われ、リセットする必要がありました。
以前は時間を計ったことはありませんでしたが、今日「すべて更新」を設定し、ボタンをクリックした時間を記録しました。午前9時30分に開始し、午前10時15分現在もまだ実行中です。現在、アセットのバンドル処理を行っています。45分以上もかかり続けることは通常ないと言えます。
一時ファイルの削除で権限の問題があったようですが、関連性があるかは不明です。