$$\dots$$ の中で \begin{align}...\end{align} を使用すると、MathJax の「数式構造の誤ったネスト」というエラーが表示されます。これは、v4 アップグレード作業中に MathJax が「数式環境をネストしない」というルールをより厳密に適用しているようです。
実際には、信頼できる Discourse のパターンは $$ ラッパー内で aligned を使用することです。
$$\n{\large\n\begin{aligned}\na \u0026= b \\\\\n \u0026= c\n\\end{aligned}\n}\n$$\n```
これにより、別の表示ラッパー (`$$...$$`) の中に表示数式構造 (align) をネストすることが回避され、エラーがトリガーされなくなります。