@BradCray さん、こんにちは。
mailman の mbox アーカイブで import_mbox.sh を使用した際、私も同じ問題に遭遇しました。
この問題は lib/email/receiver.rb 内の extract_from_mozilla(doc) に起因していることを突き止め、簡単な修正を行いました。その修正は以下の PR に提出しています：https://github.com/discourse/discourse/pull/13176。
extract_from_mozilla メソッドは、class 属性が \"moz-\" で始まるすべてのタグを非表示にしていました。私の調整では、クラス属性が ^moz-txt-link\\b で始まるタグをこの非表示リストから除外するように変更しています。これは、私が扱っていた大規模な mbox に基づくと Thunderbird のリンクをカバーしていると考えられます。
テストを書く時間がなかったため、この PR が承認されない可能性もありますが、ご自由に利用してください（ただし、PR が承認されない限り、アップグレード時にこの修正が上書きされてしまう点にご注意ください）。
私はインポートされた mbox でのみテストしましたが、新しく受信されたメールでも機能するはずです。
残念ながら、リベイク（re-bake）時には適用されないと思います（私の環境では適用されませんでした）。そのため、過去に遡って適用するのはかなり難しいかもしれません。