Olá @BradCray,
Eu também enfrentei esse mesmo problema ao usar import_mbox.sh em arquivos mbox do Mailman.
Rastreei o problema até o método extract_from_mozilla(doc) em lib/email/receiver.rb e fiz uma correção simples que coloquei em um PR https://github.com/discourse/discourse/pull/13176.
O método extract_from_mozilla estava tornando oculta qualquer tag com um atributo class que começasse com "moz-". Meu ajuste exclui dessas tags ocultas aquelas com um atributo class que comece com ^moz-txt-link\b, o que, acredito, cobre os links do Thunderbird (com base no grande mbox com o qual estava trabalhando).
Não tive tempo de escrever testes, então o PR pode não ser aceito, mas sinta-se à vontade para usá-lo (embora esteja ciente de que provavelmente será apagado por qualquer atualização, a menos que o PR seja aceito).
Testei apenas em mboxes importados, mas acho que deve funcionar em emails recém-recebidos.
Infelizmente, não acho que se aplicará durante um rebake (não funcionou para mim), então pode ser bastante difícil aplicar retrospectivamente.