システムメッセージがユーザーノートに追加される挙動は、ユーザーノートプラグインのデフォルト機能であり、min first post typing time システムのトリガーなどから生成されるシステムノートを表示させないための特定のサイト設定やトグルは現在用意されていません。
この問題に対する手動の回避策としては、システムから生成されたノートを定期的にクリーンアップまたは削除することが挙げられます。また、削除したいユーザーノートを特定するために、このようなユーザーノートレポートのデータエクスプローラクエリを使用できます。
その上で、ユーザーノートからのシステムメッセージを無効にする機能が欲しいと思われる場合は、メタコミュニティに Contribute > Feature トピックを作成することをお勧めします。ある機能に対する関心を示す人が多ければ多いほど、Discourse に採用される可能性が高くなります。