プラグインでHasCustomFieldsを使用する

たぶん関係ないと思います。

おそらく、2 番目のアプローチ(カラム名として pfaffman_server_id を使用するもの)を目指すのがよいでしょう。

このメソッドをオーバーライドすることで解決するかもしれません:

現在の値をコンソールで確認するには、以下のようにします:

Server.new.custom_fields_fk

これが server_id である場合、Server モデルでそのメソッドをオーバーライドすることをお勧めします。

class Server < ...
  def custom_fields_fk
    "pfaffman_server_id"
  end
end