Obrigado pela esclarecimento, Loukas. Analisei o código relevante e é possível que possamos fazer alguns ajustes no plugin. No entanto, considerando as diversas maneiras como as atualizações em massa podem ser realizadas e o fato de que a publicação automática foi projetada para ser, bem, automática, existem algumas compensações. Não necessariamente compensações no seu caso, mas pode haver em outros.
Diante disso, sugiro que a solução aqui seja simplesmente desativar a Publicação Automática ao realizar operações em massa. Não há necessidade de desativar todo o plugin. Se você achar isso complicado por algum motivo, ou se outra pessoa encontrar isso com o TaxoPress ou algum outro método de atualização em massa, retorne aqui e eu darei outra olhada.