Если бы у меня была эта проблема, я бы открыл два или три окна терминала. Одно для запуска пересборки, второе для записей о прошедшем времени и фиксации моментов, когда происходят длительные задержки между обновлениями логов, и третье для отслеживания активности системы — скорее всего, с помощью команды vmstat 5.
Когда вы дойдёте до точки, где лог не обновляется подозрительно долго, запишите показатели активности, которые показывает vmstat.
Опубликуйте здесь подходящие фрагменты лога вместе с вашими заметками и соответствующим выводом vmstat.
Выглядит очень вероятным, что время тратится на определённые этапы пересборки: нужно выяснить, какие именно, и посмотреть, что делает машина в эти моменты.
Я бы также делал снимок активности системы с помощью команды ps auxf во время таких пауз.