Dejo mis $0.02 aquí:
realmente se reduce a los complementos (plugins). Multisite hará que cualquier complemento que instales esté disponible para todos los sitios de la red, mientras que los sitios independientes tendrán su propio subconjunto único.
Los sitios independientes probablemente tendrán una mayor utilización del sistema en comparación con un único Multisite porque cada contenedor ejecutará el mismo proceso. Esto no significa necesariamente un impacto en el rendimiento en la práctica a menos que algunos sitios experimenten un tráfico exponencialmente mayor que otros.