Оставляю здесь своё мнение,
дело действительно сводится к плагинам. Мультисайт делает все установленные вами плагины доступными для всех сайтов в сети, тогда как автономные сайты будут иметь свой собственный уникальный набор.
Автономные сайты, скорее всего, будут иметь более высокую нагрузку на систему по сравнению с единым мультисайтом, так как каждый контейнер будет запускать один и тот же процесс. Это не обязательно означает влияние на производительность на практике, если только некоторые сайты не испытывают экспоненциально более высокий трафик, чем другие.