제가 이해한 바로는, 코어에 이미 번들링되어 있는 플러그인이 app.yaml에 나열되어 있다면, 해당 항목은 단순히 무시된다는 것입니다. 이 경우 app.yaml에 포함하는 것이 중복된다고 알리고, 소유자가 이를 제거할 수 있다는 통지가 표시된다는 뜻입니다.
저도 app.yaml에 플러그인이 하나라도 나열되어 있는 한, 업데이트 실패의 위험이 항상 있다는 점이 조금 번거롭게 느껴집니다. 그래서 업데이트를 할 때마다 내 플러그인 중 하나가 코어에 추가되었는지 반드시 두 번 확인해야 합니다.