Думаю, они предлагают следующее: если плагин, который уже был включён в ядро, будет указан в app.yaml, он просто будет проигнорирован. При этом должно появиться уведомление о том, что указание в app.yaml избыточно, и владелец может его удалить.
Меня тоже немного раздражает, что пока в моём app.yaml есть какие-либо плагины, я всегда рискую получить неудачное обновление. Поэтому каждый раз при обновлении мне приходится перепроверять, не был ли один из моих плагинов добавлен в ядро.