No lado do cliente, o Discourse não serve nenhum ativo JavaScript para plugins desativados, portanto, não haverá impacto lá.
No lado do servidor, para plugins implementados corretamente (como todos estes são), as personalizações de plugins são ignoradas quando desativados. Então, sim, tecnicamente pode haver uma pequena sobrecarga para verificar o estado ativado/desativado, mas deve ser minúscula.
Os plugins que estamos mesclando aqui são aqueles que executamos em todas as instâncias do Discourse em nossa hospedagem discourse.org. Portanto, todos eles são muito bem testados em escala.