Este é o comportamento “esperado” de um HTML content editable - dentro e fora de um nó inline é considerada uma única posição.
O código inline é um ótimo exemplo de alternativa: ele mostra um cursor falso nessa única posição, então quando você navega com as setas, é a mesma posição com marcas diferentes.
Acredito que um estado ideal será suportar esse mesmo comportamento para outros tipos de conteúdo.