Não tenho certeza exata do porquê, mas pode haver alguma dificuldade em decidir se a tag deve ser exibida quando ela é usada apenas em categorias restritas. Acho que se a configuração do site Incluir categorias seguras nas contagens de tags estiver habilitada, as tags em categorias restritas aparecerão para todos.
Mas acho que uma tag também será visível na lista de tags com a contagem correta com base em suas permissões se a configuração estiver desabilitada e ela for aplicada a pelo menos um tópico em uma categoria pública. Portanto, não tenho certeza por que ela está oculta se for usada apenas em categorias restritas.