Quanti? Decine, centinaia, migliaia di post?
Se sono più di alcuni, probabilmente ha senso creare uno script di importazione per farlo. Se non sono così tanti, allora avrebbe comunque senso creare del codice per correggere il markdown piuttosto che cercare di modificarlo manualmente. (Una soluzione ancora più stravagante sarebbe quella di avere un plugin che gestisca le modifiche di Dokuwiki).