Моя обеспокоенность заключается в том, что обновление сейчас может не полностью устранить вредоносное ПО, которое уже присутствует в системе.
Я всё же рекомендую настроить новый сервер и установить там Discourse для тестирования. Если всё будет работать корректно, вы сможете выполнить миграцию и решить проблему за один раз.