Ese servidor mío también alojaba un solo sitio web, igual que tu situación. Yo tampoco pude resolver el problema por mi cuenta en aquel entonces, así que opté por solucionarlo cambiando a un servidor nuevo.
Creo que si realmente no eres un experto en esta área, la solución más eficiente y sencilla es simplemente cambiar a un servidor nuevo. Si te consideras un experto en sistemas, entonces puedes tomarte tu tiempo para analizar este servidor y solucionar el problema adecuadamente.