Тот же сервер у меня также хостил только один веб-сайт, как и в вашей ситуации. Я тоже не смог самостоятельно разобраться с проблемой в то время, поэтому решил её, переехав на новый сервер.
Я считаю, что если вы не являетесь экспертом в этой области, наиболее эффективным и простым решением будет просто перейти на новый сервер. Если же вы считаете себя экспертом в области систем, то можете потратить время на анализ этого сервера и правильно устранить проблему.