Eu acho que o que acontece aqui é que você tem o Amber selecionado como seu esquema de cores escuro pessoal.
Alguns temas, como este tema de marca, não são agnósticos em relação ao esquema de cores, não faz sentido aplicar um esquema de cores diferente a eles. No entanto, no momento não há opção para desativar esquemas de cores de usuário para um tema específico.
Até agora, eu declarei explicitamente apenas os valores de cor de destaque diretamente no tema, para que não venham do esquema de cores. Mas com o Amber, acho que os valores de fundo cinza são misturados a isso. Uma correção rápida seria declarar manualmente todas as variáveis de cor no tema e não inferir nenhuma do esquema de cores.
Minha preferência geral seria uma opção para desativar esquemas de cores personalizados em temas específicos, como os de marca.