管理者でもテーマのカスタマイズルートにアクセスできません

それは最新バージョンではありません。Lilly が指摘している通り、再ビルドを行う必要があります。

サーバー管理を担当する方は、まず root として SSH で接続し、以下のコマンドを実行してください。

cd /var/discourse
./launcher rebuild app