この場合、@davidb @mcwumbly さん、enable_gifs の変更タイプが feature ではなく site_setting_default なら、あの恐ろしい「恒久的」なメッセージは表示されなかったはずです。これはここで制御されています：
ただし、一般的にはこの今後の変更に対して feature タイプを使用するのは問題ないと思います…なので、今後の変更に対する恒久的な通知をより明確なものにする必要があるかもしれません。
例えば、追加のメタデータとして will_become_permanent: true のようなものを導入するのはどうでしょうか？ 確信は持てませんが…