Para referencia, el cliente ACME crea los siguientes archivos relevantes en ${LETSENCRYPT_DIR}:
${DISCOURSE_HOSTNAME}.cer: contiene el certificado emitidoca.cer: contiene la cadena de certificados y tiene un nombre algo confusofullchain.cer: combina los dos archivos anteriores
El comando más correcto sería:
openssl verify -untrusted ca.cer ${DISCOURSE_HOSTNAME}.cer
El comando actual es un desastre (y es incorrecto, ya que no verifica realmente que la cadena sea válida hasta una raíz del sistema), y cualquier otra cosa se basa en efectos secundarios o suposiciones. Actualizaré la PR.