Para referência, o cliente ACME cria os seguintes arquivos relevantes em ${LETSENCRYPT_DIR}:
${DISCOURSE_HOSTNAME}.cer: contém o certificado emitidoca.cer: contém a cadeia de certificados e tem um nome um tanto confusofullchain.cer: combina os dois arquivos acima
O comando mais correto seria:
openssl verify -untrusted ca.cer ${DISCOURSE_HOSTNAME}.cer
O comando atual é uma bagunça, e qualquer outro depende de efeitos colaterais ou suposições. Vou atualizar o PR.