Não sou um especialista em canonicalização, por isso não deveria dizer algo errado aqui. Mas tenho quase certeza de que é irrelevante. O markup não é usado em nada na canonicalização, até onde sei. E embora eu possa imaginar que seja possível confundir sistemas tendo uma URL não canônica com algum markup que dissesse mainEntityOfPage: <url-canônica> (para que parecesse que o markup estava afirmando que era a postagem principal de uma página diferente), eu ainda não vi isso acontecer.
Enquanto estamos nesse assunto, o Discourse atualmente afirma que cada comentário/postagem não-primeira é a mainEntityOfPage: . Acredito que isso será verdade após a correção também. Isso também confunde a detecção (e significa que teremos que descartar essa afirmação completamente). Acho que com a correção teremos sinal suficiente para evitar problemas agora, mas provavelmente é melhor usar isso apenas na primeira postagem.