これについては、journalctl を使って改善できるかもしれません。例えば、
# journalctl --vacuum-size=50M
（アップグレードを試みる直前に実行すると良いでしょう）
PostgreSQL の使用量が減っていないのは興味深いですね。
free コマンドでスワップの使用状況を確認できます。現在 17% 使用されており、その量は恐らく 2GB 程度です。
あなたのマシンは明らかに容量が少し不足しています。RAM を増やすか、スワップ領域を増やす必要があります。ディスク容量を増やさない限り、スワップを大幅に増やすことは現実的ではありません。