Isso pode acontecer quando o conteúdo da página tem uma altura próxima à altura da viewport. Se você deslizar para cima ou para baixo enquanto estiver na página 404, os controles na parte inferior começam a aparecer?
Não tenho certeza de que haja muito o que fazer aqui, além disso, deve ser um caso de uso extremamente raro (como acessar uma página 404 a partir de uma notificação push, por exemplo).