Hay una discusión sobre esto aquí si quieres profundizar en este problema en particular: Nest subcategories under their parent categories in the sidebar
Creo que el hecho de que lo que hay en la barra lateral es un subconjunto elegido por el usuario es importante, y hace que sea apropiado usar la ordenación elegida en todo el sitio.
Sospecho que para el tipo de problema que estamos discutiendo aquí, será más importante permitir a los usuarios tener múltiples secciones para que puedan agrupar las cosas de una manera que les importe, en lugar de darles demasiado control detallado sobre cómo se ordenan.