Estarás bien. Instalaste ruby-railties en el sistema operativo anfitrión. Hacerlo no afectará tu instalación de Discourse, aunque puede causar confusión en el futuro si vuelves a olvidar enter app, ya que podrías terminar abriendo una consola de Rails en el anfitrión, en lugar de en Docker.
apt remove ruby-railties es seguro de ejecutar, solo asegúrate de no estar en el contenedor de Docker.