Você ficará bem. Você instalou ruby-railties no sistema operacional host. Fazer isso não afetará sua instalação do Discourse, embora possa causar confusão no futuro se você esquecer de enter app novamente, pois você pode acabar abrindo um console rails no host, em vez de no docker.
apt remove ruby-railties é seguro para executar - apenas certifique-se de que você não está no contêiner docker.