はい、私の返信を書き直します。ここでは何が起こっているのか、ほぼすべてわかったと思います 
@ninjapenguin が指摘しているように、タグを割り当てたトピックをすべて削除しても、そのタグはタグ一覧ページに残り、件数も変わりません。これは、トピックが技術的にはまだ存在し、引き続きそのタグを保持しているためだと考えています。
@syl さん、スクリーンショットに示されているように tete タグのトピック一覧に移動し、URL の末尾に
?status=deleted
を追加すると、tete タグが割り当てられた削除済みトピックが 2 つ表示されるはずです。
2 つ目のスクリーンショットのメッセージは、そのタグが割り当てられた削除済みトピックの数に対応しています。
タグの集計や一覧表示において、削除済みトピックを考慮すべきではないと感じますが、データベースの保存方法から考えると、これは簡単な変更ではないかもしれません。@codinghorror さん、どうお考えですか？