以前、生のMarkdownがそのまま表示される問題がありましたが、メタでも同様の問題が発生しているようです。私は@feature@meta.discourse.orgをフォローしており、数時間前にこの投稿がそのアクターからフェデレーションされました。
これはMastodonでは以下のように表示されました。
Elkでは、もう少しマシな表示になります。
今、純粋なMastodonアカウントで@feature@meta.discourse.orgをフォローし始めたばかりですが、もちろんこの特定の投稿がそこで見られるのは遅すぎます。 
したがって、以前自分のインストールから見た埋め込みMarkdownは、データベースが悪かったわけではなく、もしそうだったとしても、メタと共有されたデータベースの問題であり、おそらく私のテストとは関係ないでしょう。