Você pode adicionar uma seção labels: ao seu app.yml para incluir rótulos do docker no contêiner do discourse quando ele for iniciado pelo launcher. Alternativamente, você pode usar ./launcher start-command app para ver o comando de inicialização do docker e, em seguida, usar o que quiser para usar as mesmas variáveis de ambiente para iniciar o contêiner do Discourse.
Você não diz o que o Watchtower quer ou precisa para excluir o Discourser do Watchtower, então não posso dizer mais nada.