No estoy del todo seguro de qué está causando esto, pero parece que probablemente esté relacionado con Themeable site settings are now available
¿Qué tema estás usando? ¿Cómo están configurados estos ajustes para el tema?
Creo que si tienes activado campo de búsqueda en la cabecera del sitio y este componente está instalado, terminas en el estado que describes, donde la búsqueda está solo en el banner y no aparece en la cabecera en absoluto… ¿suena eso exacto?