No te preocupes en absoluto 
me alegra mucho que lo hayas solucionado.
El problema es que estás haciendo el reemplazo incondicionalmente y eso está interfiriendo con cosas posteriores. Una solución mínima sería realizar el reemplazo solo si está presente (c), dicho esto, de todos modos recomendaría no usar este hack y hacerlo en markdown prettify. ™
En el pasado, deshabilitamos este reemplazo aquí:
Lo que quieres es algún tipo de plugin que lo vuelva a habilitar.