¡Genial, configurar mi esquema preferido funcionó, gracias! 
Es un poco raro que solo pudiera configurar el modo oscuro predeterminado allí (Configuración del sitio ➔ Básico), y solo configurar el modo claro predeterminado en la configuración del tema. 
Consideraría agregar una pequeña nota, preferiblemente con un enlace, debajo de donde configuras el modo claro en la configuración de tu tema. Algo como:
Esto establece la paleta de modo claro predeterminada para tu tema. Haz clic aquí para configurar el modo oscuro predeterminado./Ve a Configuración del sitio ➔ Básico para configurar el modo oscuro predeterminado.
Por cierto, me he estado divirtiendo con algo de transparencia y desenfoque con tu tema. 
(Me dio algunos problemas de z-index, sin embargo, probablemente debido a mi novatada, con la que todavía estoy resolviendo problemas.) ¡Especialmente me gustó cómo le dio más peso al efecto de fondo!
¡Échale un vistazo si quieres! (Todavía está en sus primeras etapas, como supongo que puedes ver.)