Credo che ora tu possa riuscirci utilizzando l’HTML:
(Replace text with more than just links? - #23 by zogstrip)
Ora puoi selezionare «Outputta HTML nella sostituzione» come opzione per ogni Parola Osservata in Sostituisci e Collega.
Il Markdown non è ancora supportato, ma penso che sia anche una richiesta di funzionalità da Contribute, quindi la passo a loro. 
2 Mi Piace