Brillante, gracias.
He logrado mover todos los temas a una nueva categoría usando una tarea rake (Bulk move many topics from one category to another - #34 by tshenry) y luego he eliminado la categoría antigua y he renombrado la nueva categoría para que, con suerte, nadie note ninguna diferencia.
Ahora he logrado desactivar el plugin y el sitio funciona como se espera.