Así es como funciona Docker: los archivos reales están dentro de un contenedor de Docker y, por lo tanto, son “invisibles” al usar FileZilla.
Si deseas probar modificaciones en Discourse, como plugins y temas, no podrás hacerlo en una instalación de producción.
Para temas, consulta Beginner's guide to using Discourse Themes
Para plugins, consulta Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin