Non ho trovato la causa principale, ma sembra essere un problema di connettività con docker. Un service restart docker è stato un workaround. È stato fastidioso dato che la ricompilazione funzionava poche ore prima e i git pull su github funzionavano bene con github.
Ecco perché non si fanno le cose alle 4 del mattino quando si è esausti. Avrei dovuto dormire 2 ore in più e occuparmene di nuovo al mattino!