このページを検証すると、2 つの異なる Cloudfront URL が存在することがわかります。そのため、前述の通り、2 つのディストリビューションを使用しています。1 つは通常の CDN 用、もう 1 つは S3 用です。
タイトルにある OP の問題は次の通りです。CSS はアプリから、JS は S3 から提供されます。すべてのアセットがどこから来ているかを認識し、必要な場所にアクセスできる CDN、あるいは 2 つの CDN が必要です。だからこそ、結局のところ 2 つの異なる設定が必要になるのです。